Persialaisvallasta Rooman osaksi
(539 eKr — noin 500 jKr)

 Vuonna 539 eKr. Persian kuningas Kyyros otti Babylonian hallintaansa. Hän antoi pakkosiirretyille juutalaisille luvan palata kotimaahansa. Pieni osa palasikin ja asettui Jerusalemiin. Yhdessä paikalle jääneiden juutalaisten kanssa koottiin vanhin osa Vanhaa Testamenttia, Mooseksen kirjat, mahdollisesti jo 400-luvun loppuun mennessä.
       Jatkuvat riidat Palestiinan naapurikansojen, etenkin idän ammonilaisten ja etelän idumealaisten kanssa lujittivat yhteistuntoa, mutta entisen Israelin samarialaisten kanssa jouduttiin lopulliseen välirikkoon viimeistään 300-luvulle tultaessa.
      Uskonnollinen ja poliittinen kiista Israelin perinnöstä oli leimallista koko hellenistiselle kaudelle, joka alkoi Aleksanteri Suuren valloituksista vuonna 332. Makedonialaisten hallitsijoiden oli yhtä vaikeaa muodostaa mielikuva siitä, kumpi riitelevistä osapuolista oli oikeassa, kuin heidän persialaisten edeltäjiensä, akhemenidien suvun kuninkaitten.

Aleksanterin kuoltua hänen kenraalinsa jakoivat keskenään suuren valtakunnan. Seleukos I perusti vuoden 300 eKr. tienoilla Syyriaksi kutsutun valtakunnan, johon kuului suurin osa Lähi-itää.
      Välimeren rannikosta käytiin jatkuvaa kiistaa Egyptin Ptolemaiosten ja Syyrian seleukidien kesken. Keskenään riitelevät samarialaiset ja juutalaiset yrittivät parhaansa mukaan käyttää epävakaata poliittista tilannetta hyväkseen.
      Kreikkalaisen kulttuurin omaksuminen koettiin vaaraksi aidolle juutalaiselle perinteelle. Aluksi siitä syytettiin ennen muuta samarialaisia, mutta se jakoi ennen pitkää myös juutalaisen yhteisön kahtia. Tähän kiistaan osallistuivat myös Juudan ulkopuolella Palestiinassa asuvat muut juutalaiset yhteisöt.

Monet muuttivat kauemmaksi, muun muassa Aleksandriaan, jonne muodostui laajin antiikin diaspora-juutalaisten yhteisö. Palestiinassa juutalaisten kiista huipentui makkabilaiskapinaksi, joka oli selustassa Syyrian kuninkaalle suureksi vaaraksi hänen sotiessaan Egyptiä vastaan.
      Kapinan kukistamisen yhteydessä Antiokhos IV häpäisi tieten tahtoen Jerusalemin temppelin ja muutti sen pakanalliseksi pyhäköksi vuonna 169 eKr. Kun mellakointi ei loppunut, hän julkaisi seuraavana vuonna ediktin, joka kielsi ankaran rangaistuksen uhalla kokonaan juutalaisen uskonnon harjoittamisen. Monen oli muutettava pois Juudeasta.
      Vaino ei kuitenkaan johtanut toivottuun tulokseen, vaan kuninkaan kuoltua kapina jatkui ja johti ennen pitkää autonomisen juutalaisen ns. hasmonilaisen kuningaskunnan perustamiseen 140-luvulla. Yhtenä syynä tähän oli Rooman puuttuminen Palestiinan tapahtumiin.

Hasmonilainen kuningaskunta laajensi aluettaan niin, että se 70-luvulle tultaessa käsitti suurin piirtein yhtä laajan alueen kuin perimätiedon Daavidin kuningaskunta. Tämän alueen roomalaiset miehittivät Pompeiuksen johdolla vuonna 63 eKr, ja siitä tehtiin Juudean alue, jota johti Rooman asettama käskynhaltija tai vasallikuningas.
      Kuuluisin näistä lienee Herodes Suuri (n. 73–4 eKr), jonka isä oli idumealainen Antipatros. Samoihin aikoihin Juudean etelä-ja itäpuolelle oli syntynyt uusi voimatekijä, eli arabisukuisten nabatealaisten kuningaskunta, josta Antipatros oli löytänyt puolisonsa.

Juutalaisten erimielisyydet ja kapinat jatkuivat Rooman vallan alaisuudessa. Ensimmäisellä jäkikristillisellä vuosisadalla kapinat laajenivat sisällissodiksi, joihin Rooman oli puututtava ankarammalla kädellä.
      Keisari Vespasianuksen poika Titus hävitti Jerusalemin temppelin vuonna 70 jKr. Monet juutalaiset siirtyivät 'vapaaehtoiseen' maanpakoon, useimmat muualle Rooman laajan imperiumin alueelle.
      Keisari Trajanuksen aikana nabatealaisten alue liitettiin Arabian provinssina Roomaan vuonna 106 jKr. Keisari Hadrianuksen aikana toisella vuosisadalla juutalaiset yrittivät kapinaa eri puolilla Rooman valtakuntaa, mutta heidät kukistettiin verisesti.

Vuonna 132 Juudeassa puhkesi Messiaanakin pidetyn Bar-Kokhban kapina, joka jäi viimeiseksi. Jerusalem kukistui vuonna 135 ja juutalaisilta kiellettiin pääsy Aelia Capitolinaksi uudelleen nimettyyn roomalaiskaupunkiin kuolemanrangaistuksen uhalla. (Määräys kumottiin vasta 400-luvulla.)
      Juudean provinssin tilalle muodostettiin Syria Palaestina -niminen provinssi, jonka pääkaupunki oli Kesarea. Palestiinan alueella juutalaisuuden painopiste siirtyi Juudeasta Galileaan ja monet muuttivat myös Palestiinan ulkopuolelle. Maastamuutto jatkui 200-luvulla alkaneen pitkän laman yhteydessä ja vähitellen juutalaisuuden tärkeimmäksi keskukseksi tuli jälleen Babylonia.

Keisari Diocletianuksen (284–305 jKr) uudistusten jälkeen Rooman valtakunnan talous alkoi elpyä ja juutalaisillekin tuli enemmän liikkumavaraa. Kristinuskon voittokulku vuodesta 311 alkaen tiesi aluksi vapaampia oloja myös juutalaisille.
      Kristinuskon saatua ylivallan valtakunnassa, jonka pääkaupunki oli siirretty Konstantinopoliin, juutalaisten asema muuttui kuitenkin taas vaikeammaksi. Vaikka keisarinna Eudokia purki kiellon, joka koski juutalaisten pääsyä Jerusalemiin, monet muut rajoitukset ja määräykset sen sijaan astuivat voimaan, ja 500-luvulla keisari Justinianuksen monet lait ja toimenpiteet tähtäsivät kaikkien juutalaisten käännyttämiseen kristinuskoon.
      Kristittyjen ekumeeninen yhteys oli kärsinyt haaksirikon Khalkedonin kirkolliskokouksessa vuonna 451, kun idän monofysiittiset kristilliset yhteisöt suljettiin ekumeenisen kirkkokunnan ulkopuolelle.